Le collezioni del Museo comprendono beni di carattere storico-artistico, quadri e sculture di autori italiani e stranieri, molti di proprietà del Comune di Noto sin dalla fine dell'Ottocento, altri aggiuntisi grazie a donazioni, cessioni e assegnazioni.
Il settore più importante è costituito dalla donazione dello scultore Giuseppe Pirrone compiuta nel 1966 a favore del Museo Civico con il fine di dar vita ad una Galleria d'Arte Contemporanea dedicata alla madre, Elvira Emilia Pirrone Resso.
Le opere, raggruppate in sezioni sulla base dei soggetti, sono varie ed eterogenee: sculture a tutto tondo, bassorilievi, medaglie, dove l'artista si misura con diversi materiali quali il bronzo, la terracotta, il gesso, il rame, l'oro, l'argento e la ceramica.
Significatica nella sua produzione è la figura femminile, che ricorre in molteplici ritratti, tra cui spicca quello della madre.